Cellatlasen tar nästa steg

| Av Boel Jönsson | Tipsa redaktionen

KTH-forskare har kombinerat AI med dataspel och fått fram bättre verktyg för klassificering av proteinmönster.

I en artikel i septembernumret av Nature Biotechnology presenterar forskare från KTH två metoder för att klassificera mönster i mikroskopbilder av människans proteiner.


Målet med studien har varit att förbättra definieringen och tolkningen (annoteringen) av människans proteiner som finns tillgängliga i databasen Human Protein Atlas (HPA).

KTH-forskarna har samarbetat med det schweiziska startuppföretaget Massive Multiplayer Online Science och det isländska spelföretaget CCP Games. Tack vare samarbetet har man kunnat integrera klassificeringen av proteinbilderna som ett medborgarforskningsmoment i EVE Online, ett gigantiskt multiplayer online-spel. Det resulterade i mini-spelet Project Discovery som spelades av över 300 000 personer på EVE Online och genererade över 33 miljoner klassificeringar av proteinbilder.

Detta är första gången som medborgarforskning har implementerats i ett dataspel och har beskrivits som en milstolpe inom medborgarforskningen.

Resultatet av Project Discovery har jämförts med ett system baserat på artificiell intelligens (AI) som forskarna har tagit fram: the Localization Annotation Tool (Loc-CAT).

Loc-CAT är den första generaliserbara metoden för att annotera proteiner som finns på flera ställen i cellen (så kallade multilokaliserade proteiner).

Trots att AI-verktyget var bättre än Project Discovery-spelarna för de vanliga klasserna av proteiner så var spelarna bättre på att identifiera ovanliga och nya mönster.

Genom att kombinera Project Discovery-annoteringar med AI kunde en version av Loc-CAT med bättre prestanda tas fram.

Resultaten från denna studie har lett till förfinade annoteringar i cellatlasen i Human Protein Atlas. Dessutom har ett antal nya proteiner i den mystiska cellstrukturen som kallas Rods & Rings identifierats.

Resultaten har nu integrerats i HPA-databasen och blir en resurs för forskare över hela världen som vill förstå proteiner.

"Jag tror att vi kommer att se mer integrering av vetenskapliga uppgifter i etablerade dataspel, det är ett attraktivt sätt att komma åt och dra nytta av människors hjärnkapacitet. Dessutom har medborgarforskningsspel som direkt kopplas till modeller för maskininlärning möjlighet att revolutionera analyser i storskaliga forskningsprojekt", säger Emma Lundberg, lektor vid Cellulär och Klinisk proteomik på KTH i ett pressmeddelande. Hon vill samtidigt framföra ett stort tack till alla medborgarforskare som deltagit för både deras arbete och upptäckter.

Men det finns fortfarande mycket utrymme för förbättringar.

"Vi kan därför annonsera Human Protein Atlas 2018 Challenge på Kaggle med start 17 september. Det är en öppen bildanalys-utmaning för att klassificera subcellulära proteinmönster i dessa bilder där vinnarna kommer bidra till att hjälpa forskningen inom livsvetenskaperna framåt", säger Emma Lundberg.

Läs artikeln Deep learning is combined with massive-scale citizen science to improve large-scale image classification.

Mer om: AI | HPA | human protein atlas


Håll dig uppdaterad med Kemivärlden Biotech
Är du prenumerant? Bli prenumerant

Med en prenumeration får du obegränsad tillgång till webbtidningen. Läs webbtidningen online.


Skriv din kommentar
Inläggen nedan modereras inte i förväg och omfattas därmed inte av webbplatsens utgivningsbevis.
Startsidan just nu

Lund bland toppuniversitet

Good Food Institute startar ett nytt forskningsprogram, totalt 3 miljoner dollar, om växtbaserade livsmedel och s k Clean Meat (CM).

De tippas få Nobelpris

Mer läkemedelsexport till Kina

Kemiföretagen förutspår en fortsatt god försäljningstillväxt under andra halvan av 2018 visar en färsk konjunkturenkät från IKEM – innovations- och kemiindustrierna.

Äter mikroplastpartiklar

Mygglarver kan äta mikroplastpartiklar som sedan förs över till den vuxna myggan visar en ny studie.

Designar alternativ till antibiotika

Martina Kulén, Kemiska institutionen, Umeå universitet, har i sitt avhandlingsarbete arbetat med utveckling av antivirulens-molekyler mot två olika bakterier.

EU satsar på crowdfunding för startup-bolag

EIT Health lanserar en paneuropeisk plattform för finansiering av små bolag inom life science och hälsa.

Nyhetsbrev

Ny diagnostik för sen Alzheimers

Forskare vid bl a Lunds universitet har utvärderat en ny PET-metod för att hitta proteinet tau i hjärnan på patienter med misstänkt alzheimers.

Arkiv

Studerar signalvägar i realtid

Forskare vid Umeå universitet och Max Planck-institutet för molekylär fysiologi i Dortmund, presenterar en ny kemo-optogenetisk metod för att studera proteinrörelser på cellnivå.

Mer till aktieutdelning än till FoU

Fyra stora läkemedelsbolag lägger systematiskt sina vinster i skatteparadis visar en ny rapport från hjälporganisationen Oxfam.

Låga halter påverkar hormonnivåer

I en ny studie i Environment International rapporterar forskare att de har hittat kopplingar mellan kemikalieblandningar från kosmetika och förändringar i kvinnors fertilitetshormoner.

Hon tar över ansvaret i Mercodia

Fernströmpris till Huntington-forskare

SLU-forskare får Ig Nobelpris

Vid en ceremoni på Harvard University igår fick forskare från bland annat SLU ta emot 2018 års Ig Nobelpris i biologi.

Satsar på etanolproduktion i Rumänien

Clariant investerar 100 miljoner euro i en fabrik för produktion av cellulosaetanol från jordbruksrester i Craiova-regionen i Rumänien.

"Kemikalieskatten driver kunder utomlands"

Plus

Stora förhoppningar på Testa Center

I en ny byggnad på GE Healthcares sajt i Uppsala har nu testbädden för produktion av framtidens biologiska läkemedel officiellt invigts.

Plus

Bra tid för analytiska kemister

Jonathan Sweedler är analytisk kemist som specialiserat sig inom neurokemi, analyser i enstaka neuroner/hjärnceller.

3000 möten på Nordic Life Science Days

I år hölls sjätte omgången av Nordic Life Science Days, SwedenBios årliga event för branschen, med ännu större fokus på partneringmöten.

Nya hörselceller upptäckta

Upptäckten av nya typer av nervceller i innerörat kan leda till nya behandlingar av hörselskador.

Dom i patentstriden om CRISPR-Cas9

Den 10 september beslutade en amerikansk appelationsdomstol att döma till fördel för Broad Institute, MIT, i patentstriden om rättigheterna till CRISPR-Cas9.

De tog hem Startup Challenge

12 startup-bolag tävlade på första kvällen av Nordic Life Science Days 2018. Tre vinnare röstades fram av publiken.

Avfall + avfall = rent

Örebroforskare har tagit fram en metod för att rena lakvatten från gruvavfall och demonstrerat den i en nedlagd gruva.

Zealand Pharma säljer för 1,8 miljarder

Tillfällig direktör på MAX IV

Supersnabb cyaniddetektor

Årets bioteknikbyggare

Patent godkänt i Japan

Ny topp till Sobi

Vaccinbolag anställer

Ny nod för life science och livsmedel

Antikropp mot Parkinsons

Pajalagruvan igång igen

Se alla Företagens egna nyheter

Sänd till en kollega

0.177