23948sdkhjf

Cellatlasen tar nästa steg

| Av Boel Jönsson | Tipsa redaktionen

KTH-forskare har kombinerat AI med dataspel och fått fram bättre verktyg för klassificering av proteinmönster.

I en artikel i septembernumret av Nature Biotechnology presenterar forskare från KTH två metoder för att klassificera mönster i mikroskopbilder av människans proteiner.


Målet med studien har varit att förbättra definieringen och tolkningen (annoteringen) av människans proteiner som finns tillgängliga i databasen Human Protein Atlas (HPA).

KTH-forskarna har samarbetat med det schweiziska startuppföretaget Massive Multiplayer Online Science och det isländska spelföretaget CCP Games. Tack vare samarbetet har man kunnat integrera klassificeringen av proteinbilderna som ett medborgarforskningsmoment i EVE Online, ett gigantiskt multiplayer online-spel. Det resulterade i mini-spelet Project Discovery som spelades av över 300 000 personer på EVE Online och genererade över 33 miljoner klassificeringar av proteinbilder.

Detta är första gången som medborgarforskning har implementerats i ett dataspel och har beskrivits som en milstolpe inom medborgarforskningen.

Resultatet av Project Discovery har jämförts med ett system baserat på artificiell intelligens (AI) som forskarna har tagit fram: the Localization Annotation Tool (Loc-CAT).

Loc-CAT är den första generaliserbara metoden för att annotera proteiner som finns på flera ställen i cellen (så kallade multilokaliserade proteiner).

Trots att AI-verktyget var bättre än Project Discovery-spelarna för de vanliga klasserna av proteiner så var spelarna bättre på att identifiera ovanliga och nya mönster.

Genom att kombinera Project Discovery-annoteringar med AI kunde en version av Loc-CAT med bättre prestanda tas fram.

Resultaten från denna studie har lett till förfinade annoteringar i cellatlasen i Human Protein Atlas. Dessutom har ett antal nya proteiner i den mystiska cellstrukturen som kallas Rods & Rings identifierats.

Resultaten har nu integrerats i HPA-databasen och blir en resurs för forskare över hela världen som vill förstå proteiner.

"Jag tror att vi kommer att se mer integrering av vetenskapliga uppgifter i etablerade dataspel, det är ett attraktivt sätt att komma åt och dra nytta av människors hjärnkapacitet. Dessutom har medborgarforskningsspel som direkt kopplas till modeller för maskininlärning möjlighet att revolutionera analyser i storskaliga forskningsprojekt", säger Emma Lundberg, lektor vid Cellulär och Klinisk proteomik på KTH i ett pressmeddelande. Hon vill samtidigt framföra ett stort tack till alla medborgarforskare som deltagit för både deras arbete och upptäckter.

Men det finns fortfarande mycket utrymme för förbättringar.

"Vi kan därför annonsera Human Protein Atlas 2018 Challenge på Kaggle med start 17 september. Det är en öppen bildanalys-utmaning för att klassificera subcellulära proteinmönster i dessa bilder där vinnarna kommer bidra till att hjälpa forskningen inom livsvetenskaperna framåt", säger Emma Lundberg.

Läs artikeln Deep learning is combined with massive-scale citizen science to improve large-scale image classification.

Mer om: AI | HPA | human protein atlas


Håll dig uppdaterad med Kemivärlden Biotech
Är du prenumerant? Bli prenumerant

Med en prenumeration får du obegränsad tillgång till webbtidningen. Läs webbtidningen online.


Skriv din kommentar
Inläggen nedan modereras inte i förväg och omfattas därmed inte av webbplatsens utgivningsbevis.
Startsidan just nu

SOBI storhandlar från AstraZeneca

Swedish Orphan Biovitrum AB (Sobi) har ingått avtal med AstraZeneca, om att förvärva rättigheterna till Synagis (palivizumab) i USA för 13,6 miljarder kronor.

Superplast för bättre tandlagning

Forskare vid KTH har tagit fram ett superstarkt och biokompatibelt material som är mycket bättre än det som idag används för att laga tänder.

Över 60 läkemedel hittade i spindlar

Den ökande användningen av läkemedel sätter allt tydligare spår i naturen visar en ny internationell studie med forskare från bl a Umeå universitet och SLU.

Sockerkonsumtionen behöver halveras

Det budskapet presenterar Kostfonden på Världsdiabetesdagen den 14 november när man dukar upp den mängd sötsaker som produceras åt en svensk tvåbarnsfamilj årligen.

Merck slutar sälja rotavirusvaccin i Västafrika

AstraZeneca ökar försäljningen

Nyhetsbrev

Jämställdhet brister för kvinnliga kemister

Arkiv

Doktorand förgiftade kollega

En doktorand i kemi vid Queens Universitet i Kingston, Canada, erkänner att han har förgiftat en kollega med nitrosodimetylamin.

Kemibolag i råvarusamarbete

Wellcome och Gates Foundation stödjer Open Access

Idag måndag har båda organisationerna gått med i cOAlition-S och uttalar sitt stöd för principerna i den s k Plan S.

Skarp forskarprotest mot Open Access-plan

Forskare protesterar i ett öppet brev mot den s k Plan S som de menar kommer att skada särskilt kemisk forskning.

Protester mot gruvor

Från Kallak i norr till Österlen i söder protesterar boende mot planer på ny gruvbrytning.

SwedenBio satsar internationellt

Den nya satsningen kallas International Business Development and Promotion och ska bli ett nav med uppgift att flytta fram positionerna för nordisk life science.

Insplorion ska boosta batterisensor

Statens energimyndighet har beviljat Insplorion två miljoner i stöd för vidareutveckling av Insplorions batterisensor.

Är vi immuna mot gensaxen CRISPR-Cas9

Den frågan ställer sig tyska forskare vid Charité–Universitätsmedizin Berlin som har hittat utbredd immunitet mot Cas9-proteinet.

Största utlysningen inom grön kemi

Mistra startar ett nytt program om grön kemi. Utlysningen har just öppnat till stiftelsens största programsatsning någonsin.

Säljer Europa-rättigheter till Nexium

AstraZeneca säljer rättigheterna till Nexium, uppföljarpreparatet till Losec och båda på top-20-listan över världens mest sålda läkemedel.

Tusen till rekryteringsmässa

1000 mässbesökare och 37 arbetsgivare inom Life Science möttes förra veckan på en rekryteringsmässa i Lund.

Ska hitta biomarkörer för hjärnskada

Digitala pengar dyrast

Energikostnaden för att utvinna digitala s k kryptovalutor, mining som det kallas – är till och med högre än den för att utvinna fysiska metaller.

Luthman och Bogentoft hedras

Cellutech köps av Stora Enso

Stockholmsbaserade startupen Cellutech som utvecklar nya material från trä för att erbjuda hållbara alternativ till fossilbaserade är nu helägt av Stora Enso.

Stängt Kubal sänker elpriset

Mikroplaster i bajs

En ny studie har hittat mikroplastpartiklar i avföringsprover från människor för första gången.

Cellink presenterar nya biobläck

Anställer affärsutvecklare

Läkemedelskongress läggs ner

400-årigt kemibolag byter namn

Ny vd för Probi

Hon tar över ansvaret i Mercodia

Fernströmpris till Huntington-forskare

Se alla Företagens egna nyheter

Sänd till en kollega

0.24